Azerbaycan Gence Devlet Üniversitesi 1939 yılında Öğretmen Enstitüsü adıyla 2 yıllık eğitim vermek üzere kurulan bugünün Gence Üniversitesi, eğitim hayatına Fen ve Fizik-Matematik, Tarih, Azerbaycan Dili ve Edebiyatı fakülteleri ile başlamıştır. Takip eden yıllarda Gence Üniversitesi fakülteleri eğitim anlamında büyük oranda gelişirken, Fen Fakültesi de Fen-Coğrafya Fakültesi olarak değişmiştir.

2000 yılında da enstitü üniversite niteliği kazanmış ve bu nedenle günümüzde Gence üniversitesinde okumak isteyenlerin yoğun talebiyle karşı karşıya kalarak, Gence Üniversitesi Azerbaycan üniversitelerinde eğitim statüsüyle en kaliteli devlet üniversitesi olarak anılmaya başlanmıştır.